W drafcie 2001 został wybrany z numerem 28 przez San Antonio Spurs. Zespół po odejściu Averego Johnsona był osłabiony na pozycji numer 1. Na początku pobytu w Teksasie, Parker rywalizował o miejsce w pierwszej piątce z Antonio Danielsem. Na początku regular season, w jednym ze spotkań zdobył 22 punkty. Po tym spotkaniu na stałe zagościł w wyjściowym składzie. Podczas Rookie Challenge 2002 reprezentował barwy ówczesnych debiutantów, którzy pokonali drugoroczniaków 103-97. Sezon 2001/2002 zakończył ze średnią 9.2 pkt, oraz 4.3 asyst. Rozegrał 77 spotkań, w tym 72 w pierwszej piątce. W play-offs zaliczył lepsze statystyki. Zdobywał średnio 15,5 punktów w każdym z 10 rozegranych przez San Antonio Spurs spotkań.

 

Sezon 2002/2003 i mistrzostwo.

Podczas przerwy międzysezonowej Parker pracował nad siłą fizyczną, by móc rywalizować z silniejszymi zawodnikami na swojej pozycji. Dzięki temu w sezonie 2002-2003 stał się drugim strzelcem ekipy, zdobywając średnio 15.5 punktów na mecz. Był najlepszym asystującym - 5.3 asyst na mecz. 31 stycznia 2003 roku w spotkaniu z Orlando Magic zanotował aż 13 asyst. 3 razy w trakcie sezonu zdobył aż 32 punkty w meczu. Bardzo często rozstrzygał losy meczu rzutami, lub podaniami otwierającymi drogę do kosza w ostatnich sekundach. Po sezonie regularnym Parker prezentował dobre notowanie w playoffs. W finale zachodu, w którym San Antonio Spurs spotkało się z Dallas Mavericks, Francuz zdobywał średnio 16 punktów i miał 4 asysty. Drużyna Parkera zwyciężyła rywali 4:2 i awansowała do finału, gdzie czekała już ekipa New Jersey Nets z Jasonem Kiddem na czele. Ekipa Spurs znów okazała się zwycięska 4:2 i zdobyła tytuł mistrza NBA.

 

Kolejne sezony

 

W sezonie 2003/2004, Parker wystąpił w 75 spotkaniach, wszystkie rozpoczynając na parkiecie. Zdobywał średnio 14.7 punktów i miał 5.5 asyst. W fazie playoffs zdobywał najwięcej punktów w swojej karierze. Średnio ponad 18, ale jego ekipa odpadła już w półfinale zachodu, przegrywając z Los Angeles Lakers 2:4. Przy stanie rywalizacji 2:2 San Antonio przegrało spotkanie jednym punktem.

W sezonie zasadniczym 2004/2005 Parker rozegrał aż 80 spotkań. Zdobywał średnio 16.6 punktów i miał ponad 6 asyst. Do playoff zespół San Antonio Spurs przystąpił z drugiego miejsca. W pierwszej rundzie pokonał Denver Nuggets 4:1. W półfinale ekipa z Teksasu okazała się lepsza od Seattle Supersonics. W finale konferencji wszyscy spodziewali się długiej rywalizacji. Okazało się inaczej. Wyższość ekipy Parkera musiała uznać drużyna Phoenix Suns.

 

Finał NBA 2005

 

W finale na ekipę Spurs czekał team Detroit Pistons. Obie drużyny na koniec sezonu zasadniczego zajmowały w swoich konferencjach 2 pozycję. W pierwszym spotkaniu Parker na boisku przebywał najdłużej, bo aż 41 minut. Zdobył 15 punktów, trafił 7 rzutów z gry. Jego drużyna wygrała 84-69. W drugim spotkaniu, po raz kolejny San Antonio Spurs zwyciężyło. Tym razem wyżej, bo 97-76. Parker trafił 6 z 9 rzutów i zdobył 12 punktów. Na kolejne dwa spotkania finały przeniosły się do Detroit. Gospodarze wygrali 96-79 i wrócili do gry o tytuł. Na nic się zdała postawa Parkera w tym meczu - 21 punktów. Dwa dni później Pistons doprowadzili do wyrównania. Rozbili gości 102-71. Tony Parker zdobył 12 punktów i miał 4 asysty. Spotkanie numer 5 odbywało się w San Antonio. Gospodarze zwyciężyli jednym punktem, po dogrywce. Detroit Pistons w meczu szóstym wyrównało stan finałów na 3:3. O tym kto zdobędzie tytuł miało zadecydować ostatnie spotkanie. We wszystkich wcześniejszych wygrywali gospodarze. 7 spotkanie odbywało się w San Antonio i gospodarze znów okazali się lepsi. Spurs wygrali 81-74. Tony Parker zdobył 8 punktów i zaliczył 3 asysty. W całej fazie playoff Parker zdobywał średnio 17.2 punktów.

 

Sezon 2005/2006 i 2006/2007

 

W sezonie 2005/2006 Parker zdobywał średnio ponad 19 punktów, do tego miał 5,5 asysty. Jego drużynie nie udało się obronić tytułu. W półfinale konferencji, przegrali z Dallas Mavericks 3:4.

W sezonie 2006/2007 Parker notuje 19 punktów na mecz i 5,5 asysty. Jego drużyna awansowała do fazy playoffs. I w finale NBA pokonała Cleveland Cavaliers 4-0, a Parker został uznany MVP finałów.